在将空调单元放置在洁净车间之前，应清洁基础表面，在基础上绘制中心线，并标出减震器的位置，最后吊装空调机组并找平、找正。安装空调机组前应注意保持机组本身和安装现场的清洁，做到现场和机组无灰尘、无污物，安装后还需再次清洁。
1.空调机组安装
在安装空调机组之前，要做好洁净车间施工的准备，并根据设计图纸和安装规定制定相应的施工计划，并向施工人员进行技术说明，以相关建筑物为参照，按施工图确定安装的基准线。表冷器冷凝水接盘排水管上须设水封装置，防止外部污物倒灌进入空调箱内；过滤器与空调箱框架之间缝隙应严密，同时也要便于拆卸。
2.净化空调调试
在洁净车间的空调设备联动测试操作之前，必须分别测试风扇，水泵，冷却塔，冷却器和其他设备，试车前认真细致、检查主回路、接地等线路，达到接线正确、供电可靠、控制灵敏，确保其各项性能指标符合相关标准，方可进行设备试运转。
2.1空吹
在安装无尘车间和清洁空调系统并达到清洁要求后，清洁空调系统必须连续运行12-24小时，而无需安装高效过滤器，空吹开始后严禁无关人员进入洁净区域，必须进入洁净车间的人员要有相应的洁净防护措施。
2.2二次清洁
空吹试运转结束后需对洁净车间的空调系统及洁净车间再次进行清洁，这时候一般请专业的保洁公司进行清洁。
2.3高效过滤器安装
二次清洁工作结束后，应立即安装高效空气过滤器。在安装洁净车间的高效过滤器之前，请检查各种尺寸是否满足设计要求，各项技术性能指标是否满足与空调箱匹配，是否满足系统要求等。仔细检查洁净车间的过滤器的框架、滤材、密封胶等有无损伤；框架有无毛刺和锈斑（金属框）；检查产品合格证是否齐全；上述工作完成后方可进行高效过滤器的安装，安装过程中要注意保持清洁。
3.制冷管道安装
在安装制冷管道和配件之前，请确保管道的内壁和外壁干燥，并保持内外管道不生锈，管道支架的安装应符合各洁净车间的设备之间管道连接后的坡向坡度符合设计要求。管道系统安装结束后需要对其进行吹扫，吹扫时要选用洁净干燥的气体，用白布检测出口气体无污物时为合格。
清洗净化工程中的管道系统后，应对所有焊缝和阀门涂抹肥皂水以进行气密性测试。稳压24小时后压降（温度影响除外）在规范允许范围内为合格。