随着现代医学的发展，净化工程已成为各种外科学科建设和发展的重要前提和支柱，为了实现医院洁净手术部向信息化、智能化、集约化发展，为现代医院基建工程管理提供借鉴，必须改变原有的手术室功能，保障医院医疗、教学、科研工作的顺利开展。
据研究，洁净手术部设置在外科住院楼的2～4层为最佳，其理由是:
(1)便于净化工程部门中各个单元的安装，维护，保养和更新，并且应首先将其放置在地面上，尽量不要采用悬挂式;
(2)现在，净化工程部门不再是外科部门工作场所所独有的，它已经面向整个医院的医疗部门。相当一部分的诊断检查、介入治疗等是在洁净手术部完成。如果洁净手术部设在低楼层，更方便外科系以外的临床及医技科室;
(3)净化工程洁净手术部建在低层，有利于面临意外及突发事件如地震、火灾、基本设施严重故障的应急处置和人员的快速疏散;
(4)净化工程手术部建在低层，可以缩短气源、电缆、各种管道的距离，除便于维修外，可以显著降低基建成本;
(5)按照国家建设部、国家卫生部对医疗单位特殊部位的基建要求如地面承重，净化工程手术间地面每平米的承重标准是500公斤，ICU(危重症监护病房)地面的承重标准是300公斤。这个标准已经不太适用于洁净手术部，预计很快会进行修正。
(6)其理由是现在洁净手术部的内置设备增加太多，净化工程中，特别是心脏外科手术间、腔镜手术间、骨科手术间、预防感染的正负压切换手术间等必须提高原有的承重标准。如果建在高层建筑顶端，不同程度地会增加设计与施工难度;
(7)按照规定，医院的洁净手术部应备有UPS电源。净化工程中的这种电源的使用与管理，绝大多数由各医疗单位的设备处或后勤保障部负责，这些责任人基本不常驻手术室。洁净手术部如果建在高层，一旦发生断电意外，很难保证在最短时间内恢复供电。
ICU(危重症监护病房)应尽力缩短与净化车间中手术部的距离，这一点国际国内已经达成共识。ICU的病人不完全是手术后的危重病人，还有相当一部分病人的诊治处置需要在洁净手术部完成。如果距离过远，则不符合危重症病人的急救流程。