（一）生物安全柜的选择
主要根据下列所需保护类型选择适当的生物安全柜：
①保护实验对象；
②操作危害程度一到四类的病原微生物时的个体防护；
③暴露于放射性核素和挥发性有毒化学品时的个体防护；
④上述各种防护的不同组合。
操作挥发性或有毒化学品时，不应使用将空气重新循环排人房间的生物安全柜。Ⅱ级B1型和Ⅱ级A2型（外接管道）安全柜可用于操作少量挥发性化学品和放射性核素。Ⅱ级B2型安全柜也称为全排放型安全柜，适用于操作大量放射性核素和大量挥发性有毒化学品。在提取核酸时，为避免交叉污染宜选用此类全排放型安全柜，以避免分子污染。
（二）生物安全柜的安装
空气通过前面开口进入生物安全柜的速度为0.38～0.5ml/s。如此速度的定向气流极易受到干扰，人员走近生物安全柜所形成的气流、送风系统调整以及开关门窗等都可能造成影响。因此，最为理想的是，将生物安全柜安装在远离人员活动、物品流动以及可能扰乱气流的部位。在安全柜的后方以及每一个侧面应尽可能留有30cm左右的空间，以利于对安全柜的清洁和维护：在安全柜上面应留有30～35cm的空间，以便准确测量空气通过排风过滤器的速度和排风过滤器的更换。